在孵企业产权报价信息系统采取标准化和非标准化相结合的交易模式，非标准化的交易方式包括协议转让、竞价交易（含拍卖）、招标转让、合作开发等。交易过程包括申请、托管、挂牌审核、撮合、交易、清算交割和过户等主要环节。
就有关的制度安排方面，首先实行低门槛的市场准入制度，并且引入保荐人制度。其次，实行会员主导的撮合交易制度和委托交易制度。撮合机制由交易会员负责，并且作为中间方承担一定的担保责任。第三，交易采用场外交易为主的多种交易方式相结合的交易方式。在条件成熟时交易系统可以采取连续竞价或做市商双边报价等交易方式。
