在五板资本市场设立托管中心办理挂牌的在孵企业产（股）权的清算托管事宜，资金清算委托产（股）权结算中心办理。
挂牌在孵企业产（股）权的清算托管按“集中托管，两级清算”的统一模式进行。集中托管是指所有的在孵企业产（股）权均由五板资本市场产（股）权托管中心办理托管；两级清算是指五板资本市场产（股）权结算中心与交易会员进行一级清算，交易会员与投资者进行二级清算。
实行在孵企业产（股）权先托管后交易、资金先存入后交易的原则，禁止买空、卖空。
实行T+周的清算交割原则。
（1）资金清算
投资者可在自己选定的交易会员的营业场所开设资金帐号，进行资金清算。交易会员须在五板资本市场产（股）权结算中心开设结算帐户，其资金清算直接在五板资本市场产（股）权结算中心进行。交易会员必须在五板资本市场产（股）权结算中心开设的结算帐户上保持足够的资金余额，以保证即日清算交割划拨价款的需要。交易会员在五板资本市场产（股）权结算中心结算帐户上存款，五板资本市场产（股）权结算中心按人民银行金融机构往来存款利率计息。清算交割按“净额交收”的原则进行，即每一交易会员在一个清算期内，对价款和在孵企业产（股）权只进行应收与应付相抵后的净额清算。
（2）在孵企业产（股）权的托管、清算
挂牌交易的在孵企业产（股）权均实行无纸化托管。产（股）权所有者将其在孵企业产（股）权委托交易会员，由交易会员代表本处所有的产（股）权所有者，在五板资本市场产（股）权托管中心开设在孵企业产（股）权托管帐户，托管在孵企业产（股）权的清算直接在五板资本市场产（股）权托管中心按交易会员编码进行。五板资本市场产（股）权托管中心负责托管在孵企业产（股）权的清算过户。每一交易会员的在孵企业产（股）权托管户帐号必须与自营户帐号严格分开。挂牌的在孵企业产（股）权每次买卖成交后，均须办理过户手续。
